Software Engineer recruitment

Byalessandro.fiori

Software Engineer recruitment

Ricerchiamo un Software Engineer da impiegare nel design e nell’implementazione del LAS 2.0: una piattaforma dati Web-based, utilizzata nella ricerca traslazionale sulle patologie oncologiche.

Requisiti:

  • Laurea o Dottorato in Ingegneria Informatica, Informatica o affini
  • Eccellente conoscenza di Python e/o Java
  • Ottima conoscenza dei DBMS relazionali
  • Ottime capacità comunicative
  • Capacità di lavorare indipendentemente e di coordinarsi col team di progetto

Completano il profilo:

  • Conoscenza di MongoDB, Neo4j e del mondo NoSQL
  • Conoscenza delle tecnologie Web semantiche
  • Competenza nel Web-framework Django
  • Competenza nelle tecnologie per il front-end Web (JavaScript / AngularJS / jQuery / Responsive design)
  • Esperienza nel campo dei multi-model database

Il candidato selezionato verrà inserito nel team progettuale del LAS e la sua attività verterà principalmente sui nuovi sviluppi della piattaforma. In particolare, il candidato selezionato si occuperà sia (i) della progettazione della base di conoscenza semantica della piattaforma (ontologie OWL descriventi i processi ed i dati di laboratorio), sia (ii) dello sviluppo dei layer software dedicati all’interazione con la base di conoscenza ed i moduli da essa dipendenti.

Come candidarsi?

Se interessati, si prega di inviare la propria candidatura, comprensiva di (i) CV, (ii) lettera di presentazione ed (iii) eventuali referenze, ai seguenti indirizzi

  • Andrea Bertotti (email: andrea.bertotti@ircc.it)
  • Alessandro Fiori (email: alessandro.fiori@ircc.it)

Ulteriori informazioni sul progetto LAS/LAS 2.0

Il LAS (Laboratory Assistant Suite) è nato nel 2011 e fa parte della classe di software chiamata LIMS (Laboratory Management Information System). Questo tipo di applicativi mira a tracciare, integrare e a rendere fruibile l’informazione generata nei laboratori biomedici. La piattaforma è attualmente funzionante ed assiste quotidianamente i ricercatori nelle attività di laboratorio. L’architettura della piattaforma è modulare. Ogni modulo è deputato alla gestione di differenti procedure sperimentali e dei relativi tipi di dato (es., dati biologici, dati genomici, ecc…), ed è innestato in un framework principale, per permettere l’integrazione dell’informazione in un unico punto di vista centralizzato. Il LAS è basato su un approccio dati multimodello che integra: MySQL, MongoDB e Neo4j. Le interfacce utente sono Web-based e sono state progettate ed implementate per essere fruibili in ambienti ostili, ove è necessario minimizzare le interazioni uomo-macchina per il data entry.

Il progetto LAS 2.0 mira ad estendere la piattaforma attuale per migliorarne la scalabilità di implementazione dei moduli dedicati alla gestione dei nuovi processi di laboratorio. Per questo motivo, il LAS 2.0 è fondato su una base di conoscenza semantica in grado di generalizzare ed armonizzare le pipeline procedurali e di relazionare le relative tipologie di dati sperimentali provenienti da diversi contesti.

 

English version

A fully funded job position is available on the LAS 2.0 project at the Department of Oncological Sciences at University of Torino Medical School, Italy.

In 2011, Department of Oncological Sciences started a project, named LAS (Laboratory Assistant Suite), addressed to develop a Laboratory Management Information System (LIMS). The LAS platform assists biomedical researchers in a broad variety of laboratory activities. Its modular architecture allows managing different kinds of raw data (e.g., biological, molecular) and tracking experimental procedures. While each LAS module handles specific activities or data types, a broader and uniform framework ensures native integration and coherence among the various system components. User interfaces have been designed to be practical in hostile environments, where researchers should minimize their interactions with the system during data entry procedures (e.g., in sterile conditions).

The LAS 2.0 project aims to extend the current platform to provide more flexibility and customization in defining experimental pipelines, normalize and harmonize general concepts and data models applied to different domains, and maintaining consistency among different data-flows and workflows. The new LAS system will integrate a semantic knowledge base that integrates several ontologies covering different domains. The architecture will include reasoning tools and different NoSQL databases (i.e., graph and document databases) to improve the flexibility of the platform.

The selected candidate will join the LAS project team and her/his activity will be strongly focused on the development of the LAS 2.0 project. In particular, the selected candidate will be in charge of (i) the design of the semantic knowledge base (OWL ontology), and of (ii) the development of software devoted to querying and exploiting knowledge base capabilities.

Skills & Requirements

Basic skills and requirements:

  • Graduate degree (Masters or PhD) in computer science or a related field
  • Good knowledge of Python or Java
  • Good knowledge of DBMSs
  • Excellent communication skills – written and oral
  • Ability to work independently and in team

Additional skills (nice to have’s):

  • Expertise in MongoDB, Neo4j and NoSQL world
  • Knowledge of semantic technologies
  • Expertise in Django Web framework
  • Expertise in  front-end techs or frameworks: JavaScript / AngularJS / jQuery, and responsive design competencies.

Application submission and further details

Please, address your application with (i) CV, (ii) motivation letter and (iii) optional reference letters to:

  • Andrea Bertotti (email: andrea.bertotti@ircc.it)
  • Alessandro Fiori (email: alessandro.fiori@ircc.it)

Application deadline: There is no fixed deadline, we will continue accepting applications until suitable candidates have been found. You will receive an acknowledgement of your application by email within a week’s time.

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